【現　行】
・特定同族会社(同族関係者1グループで株式等50％超となる会社)が内部留保した金額に対して追加的に課税。
・平成18年度税制改正において、対象法人を限定した上で、内部留保に対する控除額を大幅に引き上げること等により、平均並の配当を行えば課税されなくなる抜本改正が行われた。
【改正後】
・資本金1億円以下の中小企業は留保金課税の適用対象から除外する。

地域資源を活用した新商品・新サービスを開発・提供するための設備投資に対する税制措置の創設(7％の税額控除又は30％の特別償却)。

1. 今後新規に取得する設備について、現行の法定年数経過時点の「残存価額」を撤廃(10％→0％)し、法定年数経過時点で全額(100％)まで償却可能な制度とする。
2. 「償却可能限度額」(取得価額の95％)を撤廃する。

【現　行】
　中小卸・小売・特定のサービス業者の取得する機械・装置及び器具・備品について、特別償却(初年度30％)又は税制控除(7％)を講じている。
　また、中小企業新事業活動促進法に係る要件(経営革新等)を満たした企業の取得する機械・装置についても、同様の措置を講じている。
【改正後】
　適用期限を2年間延長(平成21年3月31日迄)。

〔贈与時〕
・申告を前提に、65歳以上の親から20歳以上の子への贈与につき、2,500万円の非課税枠(限度額まで複数回使用可)、これを超える部分については税率一律20％で課税。
◇特定非上場株式贈与特例の創設
　中小オーナー経営者が、自社株式を後継者である子供(代表者となる場合等に限る)に贈与する場合、贈与者の年齢要件を60歳に引き下げ、非課税枠を3,000万円に引き上げる。
〔相続時〕
・贈与時の時価で贈与財産を相続財産と合算して相続税額を計算し、精算する。

【現　行】
＜対象法人＞
　同族関係者1グループで株式等90％以上を保有、かつ、常務に従事する役員のうち同族関係者が過半数。
＜損金算入制限措置＞
　オーナー役員(業務主宰役員)給与につき、個人段階で利用可能な給与所得控除相当分だけ法人段階で損金不算入。
＜適用除外＞
1. 基準所得(課税所得＋オーナー役員給与)800万円以下。
2. 基準所得(課税所得＋オーナー役員給与)が3,000万円以下、かつ、オーナー役員給与が基準所得の1／2以下。
【改正後】
　前掲適用除外2.の基準所得800万円以下を、1,600万円以下に引き上げ(平成19年度から)。

　商工中金の株式会社への移行時に係る登記に関する登録免許税の非課税措置を講ずるとともに、新商工中金の移行期間中、新商工中金を利用する中小企業者が設定する抵当権の設定登記等に係る登録免許税の軽減措置と商工中金に対する事業税(資本割)の軽減措置等を講ずる。

　商工中金、信用保証協会に抵当権設定の登記等に伴う登録免許税の軽減措置の適用期限を、商工中金については、1.5年延長(20年9月末まで)、信用保証協会については、2年間延長。

　事業協同組合等の各事業年度における留保所得について、32％相当額の損金算入を認めている特別控除制度を2年間延長する。

　事業協同組合等が行う貸倒引当金の繰入れについて、通常の繰入限度額の16％分を割り増して損金算入を認めている特例措置を2年間延長する。

　火災共済協同組合等が異常危険準備金を積み立てる場合、正味収入共済掛金の5％(通常は2.5％)まで損金算入を認めている特例措置を3年間延長する。

　法律改正により、事業協同組合等における共済事業の健全性を確保するための措置が導入されたことから、事業協同組合等が大規模に行う共済事業を生命保険料控除制度等の対象とする。